この処理を実行していたところ、2ファイル目の書き込みでMySQL server has gone awayのエラーが。
lolipopのMySQLサーバのtimeout時間を見てみたら15秒。。。。
2件目のファイル処理に15秒以上かかっていたのでtimeoutしたため、コネクションが切れていたという落ち。
なので、1ファイルずつ繋いでは切るの繰り返しになった。。。
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http://memo.omaww.net/Entry/59/lolipopでMySQL server has gone away